Kaišiadorių vyskupija suskirstyta į 7 dekanatus ir 68 parapijas; 1 bažnyčia turi rektorato teises; kai kurios parapijos turi koplyčias, įkurtas atokesnėse nuo parapijų bažnyčių vietovėse, kad tikintiesiems būtų patogiau dalyvauti šv. Mišiose ir kitose pamaldose.